Cette flore dite commensale a un effet protecteur contre les bactéries pathogènes pouvant coloniser l'intestin, on parle du
rôle barrière du microbiote.Le microbiote participe aussi à la maturité du
système immunitaire intestinal situé dans l’entérocyte qui assure 70 % des défenses immunitaires de l’organisme.
Les bactéries intestinales sont présentes dans tout l’intestin mais sont beaucoup plus concentrées dans le colon. Dans le colon droit, elles dégradent par fermentation les fibres alimentaires contenues dans les végétaux pour produire des acides gras à chaines courtes (AGCC) et des gaz inodores. Ces AGCC servent ensuite de nourriture aux cellules de la muqueuse intestinale (entérocytes et colonocytes) et participent ainsi au maintien de l’intégrité de la barrière intestinale.
Par contre, une consommation excessive de protéines va favoriser une flore de putréfaction dans le colon gauche avec la production de toxines irritantes pour la paroi colique. Ces dernières augmentent le risque de polypes intestinaux voir de cancer colorectal. Ceci s’associe aussi à des gaz nauséabonds soufrés caractéristiques.